Guia de uso

Como usar o Rotamer, tela a tela — para quem aprende e para quem ensina. Os textos entre aspas são os que aparecem na tela.

O editor abre sem cadastro: quem entra no endereço já desenha. Conta só é preciso para guardar progresso e moléculas, entrar numa turma e batizar estrutura.

1. A bancada

A tela de desenho ocupa a página; o resto se apoia nas bordas dela.

Onde	O quê
Faixa de cima	a marca, a fórmula e a massa do que está desenhado, o estado (`válida`, `estrutura impossível`, `carregando o motor`), `Guardar`, `Exemplos`, `Missões`, `Análise`, e `Entrar` ou o seu nome
Barra em pé, à esquerda	as ferramentas, os elementos, os anéis prontos, organizar, desfazer e refazer, enquadrar, nova molécula, atalhos
Faixa de baixo	cinco números que mudam a cada traço — massa, TPSA, rotáveis, anéis, doadores/aceitadores — e a regra dos cinco
Canto inferior direito	a cena 3D, que dobra e vibra
Painel lateral	fechado por padrão: `Análise` (tudo o que o RDKit calculou) e `Missões` (o enredo e o tutor)

No celular tudo empilha: desenho em cima, painel embaixo. Nada exige mouse.

2. Desenhar

Clique no vazio para pôr um átomo do elemento ativo (carbono, no começo). Um carbono sozinho já é metano: os hidrogênios ficam implícitos.
Arraste de um átomo para criar outro já ligado a ele. O ângulo trava em 30°, e a cadeia sai em zigue-zague, como no quadro.
Clique numa ligação para trocar a ordem: simples, dupla, tripla, simples.
Elemento ativo: os botões C N O S da barra, ou ··· para a tabela periódica inteira. Com um elemento escolhido, clique no átomo para trocá-lo ou no vazio para pôr um novo.
Anéis prontos: benzeno, cicloexano, ciclopentano e piridina, num clique.
Organizar o desenho: o RDKit refaz as posições — comprimentos de ligação iguais, ângulos certos, anéis regulares. Ctrl+Z devolve o desenho como estava. Se havia cunha, uma faixa no alto conta o que aconteceu com ela (§ 5).
Desfazer e refazer: Ctrl+Z e Ctrl+Shift+Z (ou Ctrl+Y), sem limite dentro da sessão.
Nova molécula: limpa a tela, e Ctrl+Z traz de volta.

Ferramentas (tecla entre parênteses):

Ferramenta	O que faz
Desenhar (`D`)	o modo normal, descrito acima
Mover (`M`)	arrasta um átomo sem criar nada; arrastar no vazio move a vista
Selecionar (`V`)	um retângulo pega vários átomos; duplo clique pega o fragmento inteiro; arrastar de dentro move o bloco; `Delete` apaga tudo de uma vez; `Ctrl+A` seleciona tudo; `Esc` solta
Estereoquímica (`W`)	clique numa ligação para pôr cunha cheia; clique de novo para traço; de novo para tirar. A ponta fina fica no centro estereogênico
Apagar (`E`)	clique no átomo ou na ligação

Atalhos valem na página inteira, menos enquanto você escreve num campo de texto. ? abre a folha com todos. Elementos: C N O S P F I H, e L para cloro, B para bromo. 0 enquadra a molécula.

Menu do botão direito (no celular, toque longo): no átomo, trocar o elemento com a tabela periódica em miniatura, pôr carga formal, apagar; na ligação, escolher a ordem direto e a estereoquímica (cunha, traço, inverter a ponta fina); no vazio, organizar, enquadrar, desfazer, limpar; com seleção, trocar o elemento ou a ordem de tudo de uma vez, soltar, apagar.

No celular: dois dedos aproximam e afastam; toque duplo pega o fragmento; toque longo abre o menu.

3. Ler o que a tela diz

A faixa de cima mostra a fórmula e a massa assim que a estrutura fecha, e o estado:

válida — o RDKit aceitou.
estrutura impossível — e a faixa de baixo diz por quê, em português: “O átomo de C tem 5 ligações, mas suporta no máximo 4.” O átomo com problema aparece com um círculo tracejado. Ver o que fazer abre o painel com a explicação e a correção.
carregando o motor — o RDKit ainda está subindo (uma vez por visita; depois fica em cache).

A faixa de baixo: massa (g/mol), TPSA (Å²), ligações rotacionáveis, anéis (com quantos são aromáticos), doadores/aceitadores de ligação de hidrogênio, e se a molécula está dentro da regra dos cinco de Lipinski. Tudo calculado pelo RDKit, a cada traço.

Onde o RDKit diverge de outra tabela, a tela mostra o valor do RDKit e diz de quem é a definição. A cafeína dá TPSA 61,82 (o PubChem publica 58,44 — a diferença é a percepção de aromaticidade); a aspirina tem 2 rotacionáveis na definição estrita (o PubChem conta 3).

4. O painel `Análise`

SMILES ou nome. Cole um SMILES (CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O) e Carregar. O que o RDKit não lê como estrutura vira busca por nome no PubChem: caffeine, aspirin. Sem resposta do PubChem, a tela avisa — colar SMILES continua funcionando.
Exemplos (na faixa de cima): etanol, ácido acético, benzeno, paracetamol, aspirina, cafeína.
Grupos funcionais reconhecidos, com nome em português: éster, ácido carboxílico, amida…
Identidade: átomos pesados, heteroátomos, anéis, rotacionáveis, doadores/aceitadores, TPSA, logP, refratividade molar, fração sp³, estereocentros (e quantos estão sem configuração), massa exata, InChIKey, SMILES.
Modos normais: 3N − 6 modos (3N − 5 se a molécula é linear), cada um com o número de onda em cm⁻¹ e se é estiramento ou dobramento. Clique num modo e a cena mostra só ele. As frequências são do campo de força MMFF94, calculadas na hora — não são medidas de espectro, e a tela diz que campo de força clássico costuma superestimar estiramento em 5% a 10%. Um modo com número negativo é frequência imaginária, e a tela explica o que isso significa.
Regra dos cinco: quatro barras, massa, logP, doadores e aceitadores, contra os limites publicados. Não é previsão de atividade: descreve onde a molécula está em relação a quatro limites.
Levar embora: SVG (o desenho do RDKit), PNG (a tela como está), Compartilhar (copia o link da página pública, § 8).
Tema: claro, escuro ou o do sistema.

Rodapé do painel: “Calculado pelo RDKit… Nenhum número desta tela passa por modelo de linguagem.”

5. Estereoquímica

Com a ferramenta W, clique numa ligação: cunha cheia; de novo, traço; de novo, nada. Quem atribui R ou S é o RDKit, lendo as cunhas — a letra aparece ao lado do átomo no desenho e na cena. Centro sem cunha aparece com ?, e em Identidade como “sem configuração”. Ligação dupla ganha E ou Z.

Ao organizar o desenho com cunhas, a faixa no alto conta o que aconteceu com cada uma: uma cunha que não definia configuração nenhuma (o átomo não era centro estereogênico) some, e a faixa diz por quê; uma cunha de centro de verdade pode virar traço quando o átomo passa para o outro lado do papel — mesma configuração, a letra continua a mesma.

Cunha e traço atravessam o SMILES (F[C@H](https://github.com/GabrielMello1407/Rotamer/blob/main/docs/Cl)Br) e a página pública.

6. A cena 3D

Assim que a estrutura fecha, a molécula nasce emaranhada e se dobra até a forma de menor energia — são os quadros reais da minimização no campo de força MMFF94 — e depois vibra, por dinâmica molecular a 300 K. Uma ligação simples gira; a dupla não.

Controles: girar com o mouse ou o dedo; mostrar ou esconder hidrogênios; ver o volume; recentrar; ampliar (a cena cresce para metade da bancada, e o desenho continua ao lado). O átomo tocado no desenho acende na cena, e vice-versa. Dupla e tripla aparecem como varetas paralelas.

Elemento que o MMFF94 não parametriza (o painel diz qual): a forma aparece assim mesmo, montada com comprimentos e ângulos de ligação — o que não existe é a energia, e sem energia não há vibração nem modos normais.

Com “reduzir movimento” ligado no sistema, dobramento e vibração são desligados e a geometria final aparece direto.

7. Missões

Abra Missões na faixa de cima. O seletor Escolher missão lista o catálogo por trilha — Estrutura, Geometria, Propriedade — e Sem missão — ferramenta livre, que é o modo sem enredo: “Desenhe o que quiser. Os descritores continuam saindo do RDKit a cada traço.”

Cada missão tem enunciado, objetivos com tique conforme você cumpre, e nota de 0 a 100, proporcional aos objetivos cumpridos. O veredito sai do motor de missões comparando os números que o RDKit calculou — nunca de um modelo de linguagem. Ver dica mostra uma dica de cada vez; elas são escritas à mão, e só aparecem quando pedidas.

Quando todos os objetivos fecham, aparece cumprida. Com conta, o progresso é gravado — “Progresso salvo. Nota conferida no servidor: 100 de 100.” — e a missão ganha ✓ no seletor. Sem conta, a tela convida: Entre na sua conta para guardar o que já cumpriu.

O tutor fica no mesmo painel, com três perguntas: E agora?, Por que não fechou?, O que é isto?. Ele só aceita pergunta depois de existir molécula válida. A resposta vem marcada em âmbar e com a frase “Texto gerado por modelo de linguagem a partir dos números calculados. É hipótese, não medida.” — os números que aparecem no texto são os que o RDKit calculou, encaixados pela interface. Na instância sem chave do Gemini, ele diz que está desligado e devolve você às dicas escritas à mão. Há um teto de perguntas por dia.

8. Página pública de uma molécula

Compartilhar copia um link /m/<smiles> que abre em qualquer lugar, sem conta e sem JavaScript: fórmula, massa, descritores, grupos, o desenho pelo RDKit e o apelido (§ 10), se houver. Colado num grupo de WhatsApp, o link vem com imagem e título. Abrir esta molécula no editor traz o desenho de volta.

9. Conta e estante

Entrar, na faixa de cima, leva a /entrar: entrar com e-mail e senha, ou criar conta com como quer ser chamado, e-mail, senha (8 caracteres ou mais) e escola ou instituição — opcional, mas é o que permite acompanhar a turma depois. Criar conta leva direto de volta à bancada, já identificado.

O que a conta guarda: o progresso nas missões e as moléculas que você guardou. Sair limpa a tela e o rascunho: a máquina do laboratório é compartilhada, e quem sentar depois não encontra a sua molécula.

Guardar, na faixa de cima, põe a estrutura em Minhas moléculas. A mesma estrutura guardada duas vezes continua sendo uma linha só. Cada linha mostra fórmula, massa e data; abre no editor, tem Página pública e Tirar da estante (com confirmação na própria linha). O que fica guardado é o grafo: fórmula, massa e descritores são recalculados sempre que a molécula abre.

Sem conta, o rascunho fica no navegador e volta quando você abre de novo — e um link com molécula ganha do rascunho.

10. Batizar uma estrutura

No painel Análise, uma estrutura que ninguém batizou pode receber um apelido de quem a desenhou: Dar um apelido → Batizar. O apelido é da estrutura, vale para todo mundo nesta instância, e nunca aparece sem o nome de quem deu — “Molécula da Ana · batizada por Professora Ana” — no painel, na página pública e na estante. Batizar também guarda a estrutura em Minhas moléculas.

O que o batismo não é: nomenclatura. “O Rotamer escolheu não nomear: quem nomeia escreve em inglês, e traduzir nome de composto é decidir estrutura.” Por isso a tela recusa apelido que se passe por nome sistemático (butanol) ou por fórmula (C9H8O4), e explica por quê.

Antes de oferecer o batismo, o produto pergunta ao PubChem se o composto já existe lá fora. Composto conhecido não se batiza: a tela mostra o nome que o PubChem registra e o CID. Se o PubChem não responder, o batismo continua possível, dizendo que não deu para conferir.

11. Turmas — para quem estuda

Turmas fica no alto da tela, ao lado do seu nome. Digite ali o código de seis caracteres que o professor escreveu no quadro e Entrar na turma. Enquanto você não estiver em nenhuma turma, o painel de missões diz isso e traz o link Entrar numa turma. Não há convite por e-mail. “O professor vê quais missões você cumpriu e onde parou. O que você desenha fora das missões é seu, e não aparece para ninguém.”

Depois disso, o painel Missões ganha a seção DA SUA TURMA, acima do catálogo: a lista que o professor publicou, na ordem dele, com 0 de 5 cumpridas. Qualquer item abre em qualquer ordem — não há cadeado. Missão escrita pelo professor traz missão do seu professor e a autoria. Ao cumprir uma, aparece Cumprida. Faltam 2 na lista. e Próxima: … →; na última, Cumprida. Você fechou a lista «…».

O Catálogo (/catalogo, no menu da conta) lista tudo o que existe para fazer — as missões do produto e as que professores publicaram, com busca por nome, trilha ou grupo funcional («éster», «anel»…). Missão de professor aparece assinada (missão de Professora Ana · EE Dom Pedro II) e tem Denunciar, com o motivo em uma linha.

Esqueceu a senha? Em /entrar, Trocar com o código do professor leva a /senha: e-mail da conta, o código de oito caracteres que o professor entregou em mãos e a senha nova. O código vale por um dia e serve uma vez; trocar a senha encerra as sessões antigas.

12. Turmas — para quem ensina

Virar professor. Ninguém se autodeclara professor: quem emite código de troca de senha pode entrar na conta de um aluno. Crie a conta com a escola preenchida e peça a promoção com o e-mail dela — a quem administra o Rotamer da sua escola, que promove pela tela, ou a quem instalou a instância, que promove por um comando no servidor (docs/INSTALACAO.md, “O primeiro administrador”). A própria tela explica isso: em Turmas, quem ainda não é professor lê “Dá aula e quer abrir uma turma?” com o caminho. Depois da promoção, Turmas que você dá aparece na próxima página que você abrir — não precisa sair e entrar.

Promover os professores da escola. Se a sua conta é de administrador, Turmas tem a seção Professores da escola: quem dá aula, com nome, e-mail, quem deu o papel e quando, e um campo de e-mail. Conferir mostra o nome de quem tem aquele e-mail, e só então aparece Promover a professor — é o passo que pega o erro de digitação, porque promover a conta errada entrega a alguém o poder de emitir código de senha de um aluno.

O administrador promove só até professor, e só contas da mesma escola, já preenchida nos dois lados. Outro administrador sai apenas do terminal, por quem cuida da instalação: é o que garante que ninguém perca o controle da instância por uma conta invadida. A tela nunca escreve a escola de ninguém — quem criou a conta sem preencher o campo é promovido pelo terminal, com --escola. Conta de outra escola recebe a mesma recusa de e-mail que não existe: a tela não serve para descobrir quem tem conta no Rotamer.

Rebaixar. Ao lado de cada professor, Rebaixar devolve a conta a aluno. O que ela perde: abrir turma, montar lista, ver o quadro da turma e emitir código de senha; e as missões que ela publicou saem do catálogo. O que fica guardado: as turmas e as listas, que voltam inteiras se a conta for promovida de novo. Uma conta que já deu aula passa a recuperar a senha só pelo terminal, mesmo depois de rebaixada — sem isso, rebaixar seria o primeiro passo para entrar na conta de um professor.

Abrir a turma. Em /turmas, Turmas que você dá → nome (3º A — manhã) → Abrir turma. A resposta traz o código: “Turma “3º A — manhã” aberta. O código é K7M2QX.“ Escreva no quadro. A lista mostra quantos alunos entraram.

O quadro da turma (clique no nome): o resumo (“12 alunos, de 15 missões no catálogo”), as listas da turma, um quadro por lista publicada, Onde a turma travou — as missões em que mais gente tentou e não cumpriu, que é de onde sai a próxima aula — e Aluno a aluno: quem, cumpridas, travado em, última vez. “Travar é ter tentado e não ter cumprido — quem nem abriu a missão não conta aqui.” Nenhuma molécula do aluno aparece nesta tela.

Montar uma lista. Nova lista → nome (Funções oxigenadas — 3ª série). Na lista:

Escolher do catálogo: marque as missões, por trilha, e Acrescentar (n).
Criar missão desenhando: a bancada abre com Criando missão · <lista> e a aba Autoria. Desenhe a resposta; o painel mostra a fórmula com o selo calculado e os objetivos que dá para cobrar, extraídos da molécula — a fórmula, a molécula exata, cada grupo funcional, cada contagem de átomos e de descritores. Marque os que quer cobrar. Escreva Título da missão, Enunciado (“Fale de química, não de interface”; sem link; sem nome de aluno) e até três Dicas, uma de cada vez. Salvar missão põe a missão na lista: “«O álcool do dia a dia» entrou na lista, na posição 2.”

Marcar é exatamente esta molécula desliga os outros objetivos — “A nota vira 0 ou 100 e um isômero parecido não vale nada. Para aceitar mais de uma resposta certa, cobre grupos e contagens em vez desta.” Não dá para escrever objetivo: “o que o aluno vai ter de cumprir é sempre o que o RDKit mediu aqui”. Uma missão que a própria resposta não cumpre é recusada, nomeando o objetivo. A resposta fica guardada dentro da missão e o aluno nunca a recebe.
Ordem: Subir, Descer, Remover (com Desfazer por alguns segundos).
Publicar para a turma: a partir daí a turma vê a lista, e os objetivos das missões suas ficam travados — mudar objetivo mudaria a nota de quem já tentou. Título, enunciado e dicas continuam editáveis.
Publicar no catálogo / Retirar do catálogo, missão a missão: publicada, qualquer conta da instância a encontra pela busca, com o seu nome e a sua escola. Exige escola preenchida. Retirar encerra o acesso pelo catálogo; quem chega pela lista da própria turma continua.
Arquivar lista tira a lista das duas telas sem apagar nada; Desarquivar traz de volta.

O quadro por lista: uma linha por aluno, uma coluna por item, com ✓ cumpriu · • travou (abriu e não cumpriu) · – não abriu, cumpridas (3 / 5) e última vez. Em cima, ONDE A TURMA TRAVOU NESTA LISTA.

Códigos de senha. O link Códigos de senha fica em dois lugares que você já visita: na seção Turmas que você dá, em Turmas, e no alto da página de cada turma. Lá dentro: e-mail de quem perdeu a senha → Emitir código. O código aparece uma vez — anote e entregue em mãos. Vale por um dia, serve uma vez, e só para alguém da mesma escola que a sua. Emitir outro invalida o anterior.

13. O que o Rotamer não faz

Não prevê o produto de uma reação nem propõe rota de síntese.
Não afirma atividade biológica. Descritores são descritores.
Não calcula nome IUPAC. Deixa batizar, que é outra coisa.
Não substitui PyMOL, ChemDraw ou Maestro.
As frequências são do campo de força, não medidas de espectro — e a tela diz isso.